Свого часу був особистим прес-секретарем архиєпископа Хмельницького Антонія (1998-2004), а згодом намісника Свято- Михайлівського Золотоверхого монастиря, ректора КДА і С архиєпископа Переяслав-Хмельницького Димитрія (2004-2006).
Після закінчення Київської Духовної Академії та аспірантури працював викладачем київських духовних шкіл, поєднуючи церковне служіння та науково-богословську з роботу у прес-службі Патріархії УПЦ КП, де офіційно обіймав посаду одного з прес-секретарів патріарха. Працював редактором всеукраїнського двотижневика “Голос Православ'я”.
За час навчання в Київській Духовній Академії та аспірантурі, написав два наукові дослідження : магістерську роботу "Досвід оцерковлення сліпих і глухих в Православній Церкві." ( Науковий керівник - архиєпископ Димитрій (Рудюк), 2004 р.), та наукову роботу на здобуття вченого ступеня кандидата богословських наук "Досвід оцерковлення сліпих і глухих в Православній Церкві. Богословський та практичний аспекти". Прочитати рецензію проф.Арсена Гудими на згадану роботу можна за цим посиланням. Захист відбувся 15 червня 2008 року (протокол №185/5, ДК № 0011), відповідно до якого, рішенням Атестаційної богословської комісії УАПЦ протоієрею Євгенію Заплетнюку присуджено вчену ступінь Кандидата Богослів'я.
У 2006 році через наклеп священичої братії та ідеологічні непорозуміння з найвищим керівництвом УПЦ КП вимушений був покинути служіння у Патріархії УПЦ КП.
У 2007 році згідно з поданим проханням був прийнятий у клір УАПЦ, де отримав призначення спочатку викладача, а згодом - проректора з наукової роботи Тернопольської Духовної Академії і Семінарії УАПЦ та настоятеля академічного храму св.Кирила і Мефодія. Згодом прот.Євген очолив роботу прес- служби Української Автокефальної Православної Церкви, ставши редактором її офіційних видань : газети “Україна Православна” та інтернет-сайту “Українська Автокефалія”.
З 5 червня 2007 року і до цього дня - прес-секретар Предстоятеля Української Автокефальної Православної Церкви. (Указ №820 / 05.06.07)
З середини 2010р., і по сьогодні, з благословення Предстоятеля УАПЦ митр.прот.Євген Заплетнюк виконує обов'язки секретаря Архиєрейського Собору Української Автокефальної Православної Церкви.
Згідно рішення Архиєрейського Собору Української Автокефальної Православної Церкви від 28 грудня 2010 року, було створено Місіонерський відділ Патріархії УАПЦ, а протоієрея Євгена Заплетнюка призначено його Головою. (Журнал №8, від 28.12.10)
Згідно рішення Зборів благочинних Тернопільської єпархії Української Автокефальної Православної Церкви від 01 березня 2011 року, було створено Єпархіальний суд Тернопільської єпархії УАПЦ, а протоієрея Євгена Заплетнюка призначено його членом. (Журнал №2, від 01.03.11)
Архиєрейський Собор Української Автокефальної Православної Церкви від 25 травня за пропозицією Голови Учбового комітету УАПЦ, Преосвященного Іоана, єпископа Львіського і Самбірського, затвердив Учбовий комітет в новому складі, а протоієрея Євгена Заплетнюка призначено його секретарем. (Журнал № 8, від 25.04.11)
До дня Святої Пасхи 2011 року, Блаженнійший Мефодій, митрополит Київський і всієї України, Предстоятель Української Автокефальної Православної Церкви, за ревну працю для добра Церкви та України, нагороджує протоієрея Євгена Заплетнюка правом носіння митри. (Указ № 0038 від 14.05.11 )
Сьогодні отець Євген веде активну місіонерську і церковну просвітительську роботу в мережі Інтернет. Він – автор першого у світі священичого україномовного блогу “Просфора”. Нині - ведучий сайту Богослов.Орг - першої спроби православного відеоблогу українською. Протоієрей Євген Заплетнюк є автором і розробником нині діючих офіційних сайтів УПЦ КП та УАПЦ. Окрім них, під безпосереднім керівництвом священика працює ціла низка православних веб-сайтів, з-поміж яких цілодобове православне інтернет-радіо, ресурс проти абортів, файловий архів, православний відеоблог та інші. Протоієрей Євген Заплетнюк - активний релігійний і церковний публіцист. А більше про його праці можна дізнатися з розділу "Праці" нашого сайту.
З 2012 року :
- засновник та ведучий Тернопільського богословського клубу.
- засновник та головний редактор Християнського авторського порталу.
